下丘腦綜合征的病因包括先天性和后天性因素，器質性和功能性等原因。第一，感染和炎癥。第二，腫瘤。第三，退行性變，如腦軟化、神經(jīng)膠質增生等。第四，腦代謝病，急性間隙發(fā)作性血卟啉病等。第五，血管性病變。第六，物理因素包括顱腦外傷或腦外科手術使垂體柄斷裂或損害下丘腦。第七，藥物，長如期服用多潘立酮、氯丙嗪及避孕藥等類藥物。第八，肉芽腫性損傷。第九，功能性障礙。第十，先天性病變或遺傳性比如：1.性發(fā)育不全和嗅覺喪失征群。2.肥胖-生殖無能綜合征。3.性幼稚-多指畸形綜合征。